Le CR250R 1999 a eu plusieurs modifications sur son châssis et moteur. Le moteur est équipé d'un carburateur neuf mm plate-latérale 38, avec un circuit à jet reconstitué et une aiguille à double cône. Il a également été fait avec un bloc roseau à six pétales, qui n'était pas disponible sur les modèles précédents CR250. Le principal port de cylindres du moteur a également été réduit à 0,2 mm, pour permettre plus de puissance sur le bas de gamme et de sortie de rpm de milieu de gamme. Une nouvelle conduite a également été installé avec une nouvelle chambre de combustion, et une unité centrale de traitement 16-bit a été ajouté dans le système d'allumage pour une meilleure synchronisation et de performance.
Powertrain
< p> Le CR250R 1999 a été équipé d'un refroidissement moteur deux-temps de 249 cc liquide, monocylindre. Il avait un alésage et une course de 2,61 par 2,93 pouces et un taux de compression de 8.7:1. Il est également venu standard avec une boîte de vitesses à cinq vitesses avec une transmission d'entraînement à chaîne. Son système d'allumage était un allumage numérique carte de type semi-conducteurs avec avance électronique. Puissance nominale globale du moteur est de 45,5 chevaux, et sa capacité de réservoir de carburant est de 7,6 litres.
Châssis et cadre
Le cadre et le châssis 1999 a CR250R étaient également modifié. La suspension des deux roues a été modifiée, en ajoutant ressorts modifiés et les taux d'amortissement. La suspension avant est de 47 mm inversée Showa fourchette. La suspension arrière était un Pro-Link avec monoamortisseur Showa avec précharge du ressort, en complément de la capacité de la suspension avant pour réduire la friction tout en se déplaçant. La suspension avant a également été plus courte que les versions précédentes, ce qui permet une hauteur de selle plus basse et une meilleure direction. Le frein avant est un seul disque avec étriers à deux pistons, tandis que le frein arrière est un seul disque avec un piston de l'étrier.